Pada tahun 1966 para Kiyai pondok Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon membentuk team pendiri untuk membuka Madrasah Aliyah. Dan pada tahun itu pulalah berhasil mendirikan/ membuka Madrasah Aliyah yang berstatus Swasta. Pada tahun 1968 team pendiri mengusulkan kepada Menteri Agama RI. Agar ditingkatkan statusnya dari Madrasah Aliyah Swasta menjadi MA. Negeri. Pada tanggal 20 Agustus 1968 terbitlah surat keputusan Menteri Agama RI. Nomor : 180 tahun 1968 tentang penegerian Madrasah Aliyah Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) Buntet Pesantren Cirebon (Propinsi Jawa Barat) yang mempunyai daya surut sampai dengan permulaan tahun ajaran 1968 ( 1 Januari 1968 ). Pada tahun 1975 MAAIN Buntet Pesantren mengadakan program/ jurusan Ilmu Agama (Syari’ah), IPA dan IPS. Pada tahun 1978 terbit surat keputusan Menteri Agama RI. Nomor : 15, 16 dan 17 Tahun 1978 tanggal 16 Maret 1978 tentang penyederhanaan bentuk dan struktur organisasi persekolahan dan tata kerja Departemen Agama RI. MAAIN tersebut berganti nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) seiring dengan diberlakukannya Kurikulum Departemen Agama RI. Tahun 1975. Pada tahun 1984 terbit Surat Keputusan bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Agama RI. Nomor : 0299/U/1984 tanggal 18 Juni 1984 tentang Pengaturan Pembakuan Kurikulum sekolah umum dan Kurikulum Madrasah sebagai berikut : • Siswa
Madrasah Aliyah (MA) dapat pindah ke SMA atau sebaliknya. • Kurikulum MA setaraf / sama dengan SMA. • Ijazah/ STTB MA dan SMA mempunyai kedudukan yang setaraf . • Lulusan MA dapat melanjutkan ke Perguruan Tinggi Umum dan Lulusan SMA dapat melanjutkan ke IAIN. Pada tahun 1984 membuka program : Ilmu-ilmu Agama, Ilmu-ilmu Fisika, Ilmu-ilmu Biologi dan Ilmu-ilmu Sosial. Pada tahun 1994 berubah menjadi program jurusan : IPA, IPS dan Bahasa dan pada tahun 2004 berubah lagi menjadi program : Ilmu Agama Islam (IAI), IPA, IPS dan Bahasa.
MAN Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon adalah madrasah yang dahulunya merupakan Madrasah Aliyah Swasta yang dikelola oleh Yayasan Lembaga Pendidikan Islam (YLPI) Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon, seiring dengan perkembangannya, maka mulai dari MAAI kemudian menjadi MAAIN dan kini menjadi MAN. Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon. Pada tahun 2006 telah diakreditasi oleh team dari Departemen Agama dengan perolehan peringkat A (sangat baik/ Unggul) sesuai dengan Surat Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Barat Nomor : A/Kw.10.4/MA./11/013/2006 tertanggal 7 Februari 2006. Pada tahun 2010 telah diakreditasi kembali oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/ Madrasah (BAN-S/M) dengan perolehan peringkat A (Amat baik) sesuai dengan surat keputusan dari Badan Akreditasi Nasional Sekolah/ Madrasah (BAN-S/M) Nomor : 02.00/535/BAP-SM/XI/2010 tertanggal 9 November 2010. Dan pada tahun 2015 telah di Akreditasi Kembali oleh Badan Akreditasi Nasional Sekolah/Madrasah (BAN-S/M) dengan perolehan nilai 96 Peringkat A (Amat Baik) berdasarkan SK Penetapan Hasil Akreditasi BAN-S/M Nomor 02.00/112/BAN-SM/SK/X/2015 tanggal 13 Oktober 2015 dan berlaku sampai dengan tanggal 13 Oktober 2020.
