Sejarah
Madrasah Aliyah Negeri Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon terletak diwilayah Pantai utara pulau Jawa (10 Km ke timur dari Kotamadya Cirebon) pada tahun 1966 para kiyai pondok Buntet Pesantren membentuk tim pendiri/ pembukaan Madrasah Aliyah dan pada tahun itu juga berhasil mendirikan/ membuka Madrasah Aliyah yang berstatus swasta dengan nama Madrasah Alijah Agama Islam (MAAI) Buntet Pesantren.
Pada Tahun 1968 Tim Pendiri mengusulkan kepada Menteri Agama RI agar ditingkatkan Statusnya dari Madrasah Aliyah Swasta menjadi Madrasah Aliyah Negeri.
Pada Tanggal 10 Agustus 1968 Madrasah Aliyah Buntet Pesantren secara resmi berstatus Negeri dengan nama Madrasah Alijah Agama Islam Negeri (MAAIN) Buntet Pesantren dengan SK Menteri Agama Nomor : 180 Tahun 1968 Tanggal 20 Agustus 1968.
Pada Tahun 1978 Keluar SK Menteri Agama Nomor : 17 Tahun 1978 Tanggal : 16 Maret 1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Madrasah Aliyah Negeri dan didalamnya termasuk penyederhanaan bentuk dan Struktur Persekolahan yang ada dibawah naungan Departemen Agama sehingga perubahan nama tersebut dari MAAIN menjadi MAN Buntet Pesantren Kabupaten Cirebon dan pada tahun 2016 sesuai dengn KMA nomor 212 Tahun 2015 Tanggal 27 Juli 2015 MAN Buntet berubah nama menjadi MAN 3 Cirebon sampai sekarang dengan 4 Program pilihan / Jurusan : MIPA, IPS, Bahasa dan Keagamaan
Sejak awal masa berdiri sampai saat ini MA Negeri 3 Cirebon sudah beberapa kali pergantian Kepala Madrasah, diantaranya;
1. K.H. ABDULLAH ABBAS TAHUN : 1968 SD. 1978
2. Drs. H. SAMA’UN BAKRI TAHUN : 1979 SD. 1990
3. M. EDI MAUFUR, BSc TAHUN : 1991 SD. 1993
4. Drs. H. IRSYAD TAHUN : 1993 SD. 1998
5. Drs. K.H. HASANUDDIN IMAM, M.Ag TAHUN : 1999 SD. 2001
6. K.H. HASANUDDIN KRIYANI, BA TAHUN : 2001 SD. 2005
7. Drs, H. MASYKUR, M.PdI TAHUN : 2005 SD. 2009
8. Drs. H. CECEP SAEFULLAH, M.Pd.I TAHUN : 2009 SD. 2011
9. Drs. MUHDI TAHUN : 2011 SD. 2015
10. Drs. H. JAJA HARJA NUGRAHA, M.Pd TAHUN : 2015 SD. 2021
11. Drs. H. IMRON ROSYADI, M.Ag TAHUN : 2021 SD Sekarang